（３）资助的研究项目一般时间较短，这对基础研究来说未必是合适的。有些基础研究往往需要长期的艰苦努力，要求在短期内做出成果并不现实。况且，在经费资助的定向作用下，研究人员为能获得申请成功的希望，往往使自己的专业和研究方向缺少连续性和稳定性，其结果必然使学术机构失去对科研人员的控制，致使本机构自身的专业特长无法得到有效的发挥。
（４）对于发展中国家而言，由于对科研总投入不是很多，完全不考虑资助面不行，可资助面越大，资助强度就越低，到头来只好是“量体裁衣”，有多少钱，办多少事，无法作长远考虑。更有甚者，科研人员有时从激烈的竞争中申请基金，其维护生存的意义甚至比课题本身更为重要。［Ｄ④］
看来，以资助形式去分配经费的确存在不少相当严重的缺陷。这种方法在大多数国家之所以仍然被普遍采用，只不过是到目前为止，尚未找到比这一办法更为合适的其他方法而已。
让我们再来看一下第二种分配流向。经费流向科研机构后，能有助于研究人员和经费的集中统一，便于解决具有重大任务的课题项目，产生具有科研实力的科学学派。而一些规模较大的研究机构也因此能开展多方面的研究，并且有利于开拓新的研究领域，及时产生具有独创性的研究成果。鉴于机构领导一般本身也是专家，又长期与科学家及教授在一起，并对本单位的研究潜力了如指掌，因而能最有把握地抓住那些既敏感而又略带风险的研究项目。这类项目往往是别人没有做过的，对国家来说也最重要，如果做出来，价值也最大。这在当今科研竞争白热化的情形下，不致于因经费暂不到位而延误时机。
不过，这种分配方式也有一些无法回避的致命弱点。
（１）首先，那些实力较强的研究机构势必需要相当可观的经费，而成果的产出也往往取决于机构领导的个人胆识和组织能力，这本身就是一个非常苛刻的条件。另外，在由众多成员组成的集体中，游手好闲之辈和一些平庸之士很容易借助他人的努力而满足，因而与个人的研究相比，在效率上要低得多。
（２）在那些资历较老的研究机构中，时间一长会出现某种不景气的局面。“座次”的排定使竞争消退，而大部分经费又都被那些牢固控制各自领域的研究小组瓜分，他们很低的工作效率或以过去的成绩为掩护，或因私人之间的关系网而无法表现出来。在申请经费方面，拒绝某个研究机构要比拒绝某个科学家更为困难，这就造成了在经费分配方面灵活性的丧失。此外，科研机构的组织者和领导者很有可能去压制那些与他们不同的新颖见解，而年轻人在这种环境中则难以出头。
看来，上述两种分配方式都不可能尽善尽美。应针对不同的具体情况，在权衡利弊的前提下去灵活地加以运用。
　　三、优先发展的选择
正如事实所体现的，今天的科学与经济已经这样密切地交织在一起，以致于人们不再怀疑，一个国家若有大笔经费用于科学，几年以后想必一定会富裕起来。为些，从９０年代开始，世界各国为了加速其工业增长，都在自己的财政预算内增加了科研投入。据有关资料报道，各主要工业发达国家的研究与发展经费占国民生产总值的比例（ＧＥＲＤ／ＧＮＰ），都已在向３％迈进。就连南朝鲜也雄心勃勃地宣称，到１９９６年，要使这一比例达到发达国家的水平。［Ｄ①］
然而，尽管如此，科研经费仍未充分饱和。从另一角度上讲，各国的经验又在提示人们，尽管科技与经费总额之间存在着相关性，但也并非绝对成正比。例如，英国和美国所花费的科研经费是西德和日本的３倍，但经济发展速度却不及西德和日本的一半。［Ｄ②］澳大利亚花费适中，却同样较快地富裕起来。因此，重要的并不完全是科研经费的绝对数字，而是选择一个适合于国家资源的合理投资结构以及各学科之间的相对优先次序。
　　１、科研投入与优先发展
研究与发展（Ｒ＆Ｄ）经费在基础研究、应用研究和试验发展（开发研究）之间的分配比例，反映出国家在科研投入方面的侧重点。然而，我们很难找到一个统一的、对所有政治、经济条件都有效的公式来处理上述三者间的比例关系。就世界各主要工业国的发展历史来看，在工业化发展的相同阶段，Ｒ＆Ｄ的投资大致符合一定范围内的统计值，［Ｄ⑤］例如在工业化发展第一阶段上，上述三者的比例分别为１０％－１５％、２５％－３５％和５５％－６５％。对于正处于工业化发展第一阶段中期的中国而言，目前１：４：８的Ｒ＆Ｄ投资结构显然更倾向于应用和开发研究，这也许是针对目前近８０％的科研成果仍停留在实验室而采取的一种策略，不过，若基于长远的发展考虑，基础研究的比重理应加强。因此有必要对Ｒ＆Ｄ投资的分配结构作适当调整，使之趋于合理的范围。
优先发展的另一侧重点在于学科之间的经费投入。为了量大限度地发挥投资效益，各国政府总是把经费集中在那些基础较好，有发展潜力，能尽快取得突破性成果并带来巨大物质利益的领域。这种集中和择优政策的结果造成了研究机构之间在研究的规模、速率、以及专业方向方面的不平衡，同时也造成了地区之间的明显差异。
这项政策的突出特点是根据不同历史时期来确定不同的重点研究领域。首先，应当确定当前的主要目标；其次，根据所确立的目标，决定若干主攻方向；第三，根据所划定的研究和发展方向对国家利益的重要程序，确定对不同领域的拨款比重。例如，８０年代中期，美国确定了国防、空间和民用三大主要发展领域，拨款比重大致为国防和空间占５０％，民用占５０％。在民用研究与发展的１４个重要方面，又对能源、保健和环境三个方面给予了极为突出的重视，因而经费占了民用经费总额的７０％左右，即几乎占科研总投入的１／４。可见政府对解决这三个方面问题的重视程度。
同样，美国在基础科学方面的优先发展领域和今后的发展方向，可以很清楚地从国家科学基金会所选择的近期和长远重点资助领域中找出答案。［Ｄ⑥］
然而，除了上述一些大的原则之外，优先发展还必须涉及具体的分析，这方面很大程度上要取决于科学家对本领域发展现状的评判。比如物理学可以划分为原子物理学、物理化学、声学、固体物理学等等分支，每一分支对应一个研究小组，这些小组不仅就物理学的现状进行估计，同时也就某分支领域和物理学其它领域之间、以及和生产、社会之间的关系，领导层的素质及财政状况等进行估价，然后写出专项报告。从某种意义上说，这是一项依赖于经验的艺术，其目标是为确定物理学在各不同研究方向上的优先发展提供科学论证，给出使用稀少昂贵科学仪器的最佳选择。在选择方向和具体投资时，一般有下列标准。
（１）预期的结果（开发新的基础研究的可能性；实际扩散效应；对解决重大综合性问题的影响；符合本国资源、经济发展特点并适应经济发展的需要等）
（２）从事研究的专业水平（同世界和其它组织机构水平之间的比较）
（３）对从事研究的科研组织和个人的评价（已获得的成就，科研潜力等；本国科研优势的发挥）
（４）所必需的经费估价（科学仪器、设备、智力投资、资料等）
确定一种选择战略应考虑到多种标准。不过，所依据的标准越多，决策层要形成一种可行性方案就越困难，就越需要专家的帮助。从严格意义上说，任何一种选择都带有一定程度的盲目性和冒险性，因为不可能对未来的变化作出完全的预测。由于许多意外的事件，期望和结果的极佳吻合几乎是没有的，这并不意味着选择方案本身就有缺陷，而是由于我们的确无法排除许多偶然因素所致，对当前来讲，取得理想的结果仅是我们达到的目标之一，更重要的还在于选择过程本身。如果我们能在这一过程中逐步培养出对未来发展的一种审慎态度，使领导人的个人素质和长远意识获得提高，并习惯于借助合理分析的艺术来决策的话，那么我们是有希望在经验积累的基础上逐步完善决策方案。
　　２、影响选择的因素
有时，确定某一种科研工程项目的投入是很难把握的，外部突发性因素时常会干扰正确的判断。因此当次要标准上升为主要标准时，都必须经过大量的论证之后方可作出合理的选择，而决不能草率行事。
社会在某方面的需要常常是影响选择的因素之一。另外一个不容忽视的因素就是赶“时尚”。一些领域中的初次重大成就往往会造成科学界和社会对该领域的一种异乎寻常的重视，即出现一哄而起的现象。例如，基因工程就曾充当过这种角色，以致于造成一些国家大量人力、物力和财力极不协调地流入这一领域。另外，时尚因素也常会干扰合理的分析，产生各种各样急功近利的行为。在今天极富竞争性的科学体系的重压下，科学界的任何成员总是怀有活跃在科学前沿的巨大愿望，急切地希望自己成为研究新的课题和取得正面突破的成员。这种社会学和心理学的要求常常使科学家无法正常地面对现实，相应地，他们必定承受着巨大的自我蒙蔽。［Ｄ⑦］６０年代初在前苏联开始的“聚水”研究，曾激起西方科学界广泛的兴趣，其中许多研究者都得到了财政拨款，然而结果却令人失望地被证明是一次失败的投资。［Ｄ⑧］所以，我们不能单凭热情来迎接每一个新思想，否则将会导致混乱。
总之，选择科学研究的发展方向是绝对必要的。２０年前科学界曾有一种普遍看法，认为科学探索是一种带有盲目性和冒险的活动，因而原则上是同任何人为的优先选择相抵触的。当然，在涉及那些仅仅依赖大脑、纸和笔的科研项目时，优先发展和经费分配问题可能并不突出。然而，现代科研越来越依赖现代化的设备和大量的经费，这时选择科学发展方向以及合理使用有限科研经费就显得至关重要了。
在科学研究活动中进行理性的选择和资金的合理投入，反映出当今社会发展的一种新趋势。为了保证我们在影响未来发展前景方面少出错误，就必须依靠那些懂得决策艺术的科学家们的帮助。为了有效地利用现有资源，获得最佳投资效益，就不能吝惜所花费的时间和财力。