操作层面的另外一个重要问题是改革评价体系，比如高校中，学者和管理层应平起平坐，甚至高于管理层，分别适应不同的评价标准等。赋予高校自主的法律权利。在美国，1915年成立了American Association of University Professors“美国大学教授协会（AAUP）”，明确提出保护学术自由的“原则宣言”，主张是长期聘任制度和教授裁判制度，这实质上提出了高校自主、学术自由实现的保障机制，“AAUP的目的是提高学术自由和分享管理经验，明确高等教育基本价值和标准，以确保高等教育对公共的利益。” [ 18 ] 其后AAUP又先后发表了一系列“原则声明”，建立了一整套保障学术自由的制度。这些“原则声明”有的曾被美国法院所援引，具有一定的法律效力。中国的高校也应建立类似法律机制。
总之，解决官学联合问题最重要的是解决学术自主化的理念问题，其次在方法论上改变官对学的主导地位，调整学者的资源分配方式，第三在操作层面要具体分析不同学科领域具体问题，重视民间基金在学术研究中的积极作用，改革高校评价体系。

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[18] 美国大学教授协会网站，http://www.aaup.org/AAUP/about/